《零號特工》第一集
四十年代初，延安的一所小學教室內，兩個人正在秘密進行交談。其中一個是教師李文鼎，他的真實身份是中共的頭號特工，代號零……
陰雨綿綿的上海籠罩著一層烏云，中統上海站站長北冥帶隊襲擊了中共上海地下總站，目的是為了中共的通訊密碼和籌措多年的經費。軍統上海站的站長靛青也加入了混戰中，經過交戰，中共上海站站長盧戡被殺，北冥也被代號“滄海”的中統劉仲達出賣并開槍打死。代號“客人”的神秘男子在軍統的層層監視下趁亂向延安發出急電——驚蟄……
《零號特工》第二集
三十四通知零隨時準備出發。為了讓零順理成章地離開延安，三十四說零是反賊，并以督導的身份把他革除出了學校……
此時的上海一片陰晦，劉仲達帶著軍統對中共在上海所有的交通站進行了襲擊。當他們在襲擊最后一個交通站的時候，卻遭到了埋伏在此的中統的偷襲，劉仲達受傷……
在大車店，一位交通員告訴零三十四的行走路線，交通員還告訴零，此次要面對的敵人是馬賊“天星幫”，“天星幫”頭領的真實身份是軍統西北站站長，代號湖藍。
廣闊的沙漠中，出現了馬隊，正是湖藍帶領的“天星幫”……
《零號特工》第三集
打頭陣的交通員把湖藍的注意力吸引到自己身上，經過搜查，湖藍沒有搜到他想要的東西，他想要的是共產黨由延安帶出的通訊密碼……
零和三十四都踏上了前往三不管的路途……
兩不管沙漠，湖藍截住了零的去路，零以一個窮教書匠的身份騙過了湖藍。三十四也以國民政府教育部官員的身份順利地通過了湖藍的盤查……
三十四很快到達了三不管鎮，由于出關的關卡已經關閉，他只有住進了阿手店。夜幕降臨，徒步走來的零也到達了三不管鎮，一路的艱辛已使他筋疲力盡。在這個陰森的小鎮，他遇到了中統西北站站長鯤鵬，被毒打一頓，昏倒在阿手飯店外……
《零號特工》第四集
整個三不管鎮充滿了火藥味，湖藍放話要血洗三不管，這里隨時都有可能變成戰場。三十四找到了負責關卡的軍官，說明自己的來意后，軍官告訴他，要想出關就得交三百塊錢……三十四帶著幾個士兵到阿手店把零抓了起來，聲稱零是從延安來的危險份子，軍官認為三十四是耍花招，把零和三十四都趕了出去。零對三十四花錢買路的作法很不理解，但三十四沒有作出任何解釋。
湖藍從交通員口中得到了六個字：三十四，三不管。果綠帶著一批手下來到了三不管，并住到了阿手飯店，零和三十四陷入了險境……
《零號特工》第五集
果綠來了三不管之后，鯤鵬心里沒了底，他命令手下四處搜索湖藍，但沒有發現湖藍的蹤跡，鯤鵬再次開始挑釁。湖藍收到果綠的信號后，帶領手下席卷而來。一場激戰后，中統潰不成兵，鯤鵬死在湖藍的槍下……
三十四不顧零的勸阻，買通負責關卡的軍官，匆匆離開了三不管。湖藍得知消息后，并沒有追捕，他認為密碼仍在三不管，于是開始清查。共產黨、中統、日本人潛伏在三不管的特工無一幸免。當他看到零的時候，不由得吃了一驚，他沒想到一個文弱的書生能徒步走過兩不管沙漠，來到三不管……
《零號特工》第六集
三十四離開三不管后，湖藍命令對其進行嚴密的監視。三十四剛回到西安，就被湖藍安置在西安的軍統監視起來……
湖藍把零定為一號懷疑對象，讓果綠想辦法搜查零，他認為密碼本就在零的身上，零被迫呆在阿手店里不準離開。果綠接到湖藍的命令后，帶著手下將整個阿手店翻了個底朝天，但仍一無所獲……
被零殺死的那個日本特工引起了果綠的注意，零解釋說是因為那個人想打劫他，他是因為害怕才殺了人。果綠自然不信，把阿手喊來對質，可零的態度很強硬，果綠被激怒了……
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