據《2009年西藏自治區環境狀況公報》顯示，2009年，全區主要江河、湖泊水質狀況保持良好，達到國家規定相應水域的環境質量標準。
狀況
主要江河水系 2009年，雅魯藏布江、金沙江、怒江、瀾滄江等主要江河干流水質達到《地表水環境質量標準》Ⅱ類水域標準；拉薩河、年楚河、尼洋河等流經主要城鎮的河流水質達到《地表水環境質量標準》Ⅲ類水域標準；發源于珠穆朗瑪峰的絨布河水質達到《地表水環境質量標準》Ⅰ類水域標準。
湖泊 2009年，羊卓雍湖、納木錯水質總體達到《地表水環境質量標準》Ⅰ類水域標準。
城市集中飲用水源地拉薩市4個飲用水源地及其它6個地區行署所在地市鎮17個飲用水源地水質總體保持良好，均達到《地下水質量標準》Ⅱ類標準和《地表水環境質量》Ⅲ類標準。
廢水和主要污染物排放量
2009年，全區工業廢水、城鎮生活污水排放量為941.55萬噸和2513.68萬噸，工業廢水和城鎮生活污水中COD（化學需氧量）排放量分別為736.85噸和14663.15噸。
措施與行動
加大了1家國家重點、10家自治區重點監控水污染企業的環境監管力度。昌都鎮污水處理廠投入試運行，拉薩市城市生活污水處理廠已開工建設，其它五地區行署所在地市鎮及兩個口岸污水處理廠前期工作順利推進。實施了山南地區婦幼保健院污水處理工程。
完成了全區74個縣級城鎮、3個一類口岸所在地市鎮和11所大型學校的140個集中式飲用水水源地的基礎環境狀況調查和水質監測，建立了飲用水水源地環境保護檔案，編制了《西藏自治區城鎮飲用水水源地環境保護規劃》。
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