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三是嚴格執行新農合基金管理制度。要求各地嚴格執行新農合基金財務和會計制度，新農合基金實行收支兩條線管理，專款專用，不得用于參合農民醫藥費用補償以外的任何支出。逐步建立基金風險預警制度，規范票據管理、現金管理和資金劃撥流程，基金實現封閉運行。財政、衛生部門和新農合經辦機構定期與開戶銀行對賬，保證賬賬相符、賬款相符。重視發揮審計作用，建立新農合基金的內部審計制度，并定期邀請審計部門或會計師事務所開展新農合審計，強化外部監管。
四是加強醫療機構監管。衛生行政部門要進一步強化對定點醫療機構服務行為的監管。建立新農合經辦機構與定點醫療機構的談判機制，將服務范圍、出入院標準，診療規范、費用控制，就診信息協查等納入協議范圍，明確違約責任及處理辦法，嚴格執行定點醫療機構準入和退出機制。開展定點醫療機構的考核評價并探索信用等級管理辦法，將次均費用增幅、目錄內藥品使用率等指標納入考核，考核結果和信用等級要對社會公布。通過開展支付方式改革和實施臨床路徑等措施，推動醫療機構加強內部管理，逐步形成新農合管理對醫療服務行為的引導和制衡機制，達到促進改革、規范服務、加強監管和控制費用共贏的效果。
五是規范新農合經辦機構內部制約機制。推動各地實現新農合經辦服務和醫療機構的分離。新農合經辦機構工作人員不能由醫療機構人員兼任，落實專職工作人員，并采取異地任職、定期輪崗等方式確保經辦人員的獨立性。規范經辦機構崗位設置，實行不相容職務分離，如會計、出納、審核不得互相兼任，審核和復核不能由一人完成。規范審核流程。采取網絡實時審核與費用清單事后審核雙重措施，并建立稽查制度，通過電話查詢、入戶回訪等方式，對發生大額費用的患者跟蹤核查。經辦機構不得擅自變更支付項目和報銷范圍，嚴禁提取管理費用。在有條件的地區，積極探索商業保險機構參與新農合經辦服務或利用社會公共服務平臺經辦新農合事務性工作，但不得將基金用于支付管理費用。
六是完善轉診備案和補償公示制度。規范縣外就醫轉診備案制度，農民異地就醫需限時轉診備案，并通過設置不同的報銷比例，引導農民主動辦理轉診備案手續。縣級以上醫療機構要配合經辦機構做好即時結報、參合患者就診信息核查和統計上報等工作。完善并嚴格執行新農合三級公示制度，建立信訪內容核查、反饋機制，探索建立舉報有獎制度，提高社會監管積極性。
七是及時從重從嚴查處違規違紀行為。明確統籌地區衛生部門負責人是新農合綜合管理的主要責任人，出現新農合重大管理問題，要追究統籌地區衛生部門負責人的責任。各級衛生、財政部門要主動會同審計、公安等部門，開展新農合基金管理的聯合監督檢查，即時排查和消除基金安全隱患，嚴厲打擊欺詐新農合基金的行為。建立健全責任追究制度，對于有組織造假騙取新農合基金的醫療機構，一律取消定點醫療機構資格，情節嚴重的吊銷醫療機構許可證，對醫療機構主要負責人要追究責任；對于參與套取騙取新農合基金的公職人員和醫務人員要給予紀律和行政處分，必要時依法吊銷執業醫師許可證；對于觸犯刑律的個人，移交司法機關依法處理。