凡是對環境有不良影響的各種規劃、開發、建設項目、排污設施或經營活動，其建設者或經營者，需要事先提出申請，經主管部門審查批準，頒發許可證后才能從事該項活動，這就是許可證制度。在環境管理中使用的許可證種類繁多，使用最廣泛的是排污許可證。

許可證制度是污染控制法律規范的支柱，它有下列優點而在環境管理中發揮重要作用：一是便于把影響環境的各種開發、建設、排污活動，納入國家統一管理的軌道，把各種影響環境和排污活動嚴格限制在國家規定的范圍內，使國家能夠有效地進行環境管理。二是便于主管機關針對不同情況，采取靈活的管理辦法，規定具體的限制條件和特殊要求。三是便于主管機關及時掌握各方面的情況，及時制止不當規劃、開發，及各種損害環境的活動，及時發現違法者，從而加強國家環境行政主管部門的監督職能的行使，保障法律、法規的有效實施。四是促進企業加強環境管理，進行技術改造和工藝改造，采用無污染、少污染工藝。五是便于群眾參與環境管理，特別是對損害環境活動的監督。

我國有關環境保護法律中規定的具體許可制度主要包括：

1．海洋環境保護法規定，向海洋傾倒廢棄物，必須向國家海洋行政主管部門提出申請，經批準發給許可證后，方可按許可證規定的期限、條件和指定的區域進行傾倒。

2．水污染防治法規定，直接或者間接向水體排放污染物的企業事業單位，應當按照國務院環境保護部門的規定，向所在地的環境保護部門申報登記擁有的污染物排放設施、處理設施和在正常作業條件下排放污染物的種類、數量和濃度，并提供防治水污染方面的有關技術資料。環境保護部門收到《排污申報登記表》后，經調查核實，對不超過國家和地方規定的污染物排放標準及國家規定的企業事業單位污染物排放總量指標的，發給排污許可證。國務院制定發布的淮河流域水污染防治暫行條例也明確規定，在淮河流域排污總量控制計劃確定的重點排污控制區域內的排污單位和重點排污控制區域外的重點排污單位，必須按照國家有關規定申請領取排污許可證，并在排污口安裝污水排放計量器。

3．固體廢物污染環境防治法對許可制度作了多處規定。（1）轉移固體廢物出省、自治區、直轄市行政區域貯存、處置的，應當向團體廢物移出地的省級人民政府環境保護行政主管部門報告，并經固體廢物接受地的省級人民政府環境保護行政主管部門許可。（2）國家禁止進口不能用作原料的固體廢物；限制進口可以用作原料的固體廢物。確有必要進口固體廢物用作原料的，必須經國務院環境保護行政主管部門會同國務院對外經濟貿易主管部門審查許可，方可進口。（3）從事收集、貯存、處置危險廢物經營活動的單位，必須向縣級以上人民政府環境保護行政主管部門申請領取經營許可證。禁止無經營許可證或者不按照經營許可證規定從事危險廢物收集、貯存、處置的經營活動。禁止將危險廢物提供或者委托給無經營許可證的單位從事收集、貯存、處置的經營活動。

4．環境噪聲污染防治法規定，在城市范圍內從事生產活動確需排放偶發性強烈噪聲的，必須事先向當地公安機關提出申請，經批準后方可進行。當地公安機關應當向社會公告。因特殊需要必須夜間進行施工作業的，也要公告附近居民。