◆對土地整理復墾開發增加的耕地，必須如實調查統計，符合條件的可用于今后的耕地占補平衡
◆縣（市）級土地利用總體規劃修編，要以經國家確定的第二次土地調查成果及政策為依據，校核規劃修編基數
◆2010年1月1日起，土地管理各項工作以第二次土地調查結果及政策為依據
2月1日，國土資源部印發《關于做好第二次全國土地調查工作的若干意見》（國土資發［2009］10號），針對第二次全國土地調查工作中存在的進展不平衡、少數地區調查工作滯后、地方上報數據有顧慮等主要問題，明確了相關政策措施，作出重點部署，全力推進工作，確保按時、保質完成第二次土地調查各項工作任務。
《意見》要求各地采取綜合措施，整體推進工作。部建立動態通報制度，對工作進度緩慢的地區，進行重點督導和檢查。對于地方在土地調查中遇到的重大問題，國土資源部將組織力量，及時進行實地會商解決。對于經通報和督導后，整改措施不到位、組織不力、工作進度仍滯后的，國土資源部領導約談省（區、市）國土資源管理部門主要負責人；對約談后改進仍不明顯的，國家土地總督察約談該省（區、市）第二次土地調查領導小組組長。
《意見》要求，各地在全面推進第二次土地調查的基礎上，統籌協調，重點抓好農村土地調查、基本農田調查以及城鎮各類專項用地面積統計，保證2009年年底前匯總全國土地利用數據，按時向國務院上報匯總結果。對城鎮內部土地調查，各地要按照統一部署，分步實施，有計劃推進。
針對地方上報數據存在顧慮，《意見》明確了政策：對使用耕地開墾費實施土地整理復墾開發增加、已經在耕種且沒有用于占補平衡的耕地，必須依法作為耕地如實調查統計，可以按照耕地指標儲備管理的要求，用于今后的耕地占補平衡；第二次土地調查結果顯示出耕地增加或減少較多的省（區、市），國土資源部在確定省級耕地保護目標時，不增加或減少耕地保有量、基本農田保護面積、建設用地總規模等指標數量；國家向各省（區、市）下撥新增建設用地有償使用費數額，依照經國土資源部確認的該省（區、市）第二次土地調查耕地數據計算。
《意見》強調，各地要按照“邊調查、邊應用”的原則，主動服務，及時將土地調查成果應用到國土資源管理各項工作中。各地要將新一輪土地利用總體規劃修編和第二次土地調查工作統籌考慮。縣（市）級土地利用總體規劃修編，要以經國家確定的土地調查成果及政策為依據，校核規劃修編基數。省（區、市）報批省級土地利用總體規劃時，要承諾該省份確保完成第二次土地調查各項任務的時限。2010年1月1日起，各級建設用地報批、土地整理復墾開發項目立項等土地管理各項工作，必須以第二次土地調查結果及政策為依據。
《意見》要求各地嚴肅土地調查法紀，堅決糾正和查處土地調查工作中的弄虛作假行為，確保土地調查數據真實、準確。
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