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但是，羅利軍強調，常規稻種子大多也是通過雜交育種選育的。自然界本身就存在雜交行為。羅利軍轉而介紹說，大家可以寬心的是，水稻常規種子遠沒有到“瀕臨滅絕”的地步。以現在中國的水稻種植面積來看，北方以種植常規稻為主，南方以種植雜交稻為主，但也有種常規稻的，“比如江蘇、安徽就種了幾千萬畝。”
不僅如此，在南方，常規稻種植甚至有擴大的趨勢。中國水稻研究所副所長李西明告訴記者，拿早稻來說，雜交稻和常規稻的產量相差不大，但常規稻吃口較好，因此近年來不少農民改種了常規稻。
另有專家指出，常規水稻在中國現在大約有46%的種植面積，達2億多畝。我國每個省都設有種子戰略儲備庫，儲備的常規種子比例遠遠大于30%，足以應對李昌平擔心的“天災”，也就是說，農民不會“無處補種”。
利益驅動下雜交種子受偏愛
羅利軍說，常規稻和雜交稻，兩者“旗下”各有數百個品種，在產量、米質、抗病蟲等性狀上各不相同，僅僅以“雜交”或是“常規”來區分高低，有失偏頗，“我們只拿品種和品種比較，科研人員中不存在雜交稻優于常規稻的籠統看法。”
但是，李昌平信中提出的常規稻受忽視，甚至“被有意打壓”的傾向恐怕是存在的。或者說，在市場的意義上，常規種子和雜交種子是“被對立”的。因為農民需要每年去種子公司購買雜交種子，而種子公司靠這個賺錢，在利益驅動下，有人對雜交稻種放大音量唱贊歌，而多數科研人員也在研制雜交種子，“高產”、“抗病蟲”、“抗旱”……每年都有許多不同性狀的新品種投放市場。雜交技術不僅應用于水稻，在玉米、油菜、蔬菜等作物上也廣泛應用。
在市場上，雜交種子的價格遠高于常規種子。
羅利軍說，在經濟利益面前，多數人投向雜交種子的懷抱也屬正常；但仍有不少科學家在堅持研究常規稻種——在他們看來，常規稻是雜交稻的基礎。
應當盡快研究“第二次綠色革命”
李昌平在信中提到，“雜交水稻的農藥、化肥使用量大”，這一點得到了許多科學家的共鳴。盡管多數雜交水稻的產量確實高于常規水稻，但羅利軍指出，某些常規稻品種在綜合性狀上并不輸給雜交稻。
現在的種子研究確實滑進了一個誤區——一味追求高產。產量增加，往往要加大水、化肥、農藥的投入，許多人不算成本賬，結果產量是提高了，但農民的收益如何？
在羅利軍看來，中國的糧食安全主要是中低產田的糧食安全問題。在占稻作面積70%以上的中低產田的實際生產中，許多雜交水稻新品種難有用武之地。根據多年研究，我國水稻的平均畝產尚在420公斤左右徘徊。而為追求高產而過量使用化肥，已成了土地“不能承受之痛”，同時，我國淡水資源有限。他說，既然雜交水稻和常規水稻各有利弊，就應該摒棄人為的“門戶之見”，因地制宜選種最合適的品種。
羅利軍說的，正是第一次“綠色革命”的“后遺癥”。上世紀中期，通過農業技術改進，糧食產量大幅度提高，人們將這次農業飛躍稱為“綠色革命”，我國雜交水稻是其中的杰出代表。
華中農業大學生命科學技術學院院長、中國科學院院士張啟發認為，第一次“綠色革命”的成果固然喜人，但副作用和隱患也不容忽視：化肥、農藥的大量使用使土壤退化；高產谷物中礦物質和維生素含量減低甚至變得很低，能讓人“吃飽”卻不能“吃好”，長期以此為食物，會降低人體的抵抗力。
近年來，一些國家已改變一味追求高產的思想，開始反思土地和糧食的關系。張啟發強調，結合中國國情研究讓人們“吃好”的“第二次綠色革命”策略，已是刻不容緩。