瓊臺自由貿易區屬于次級雙邊的自由貿易區，即海南與臺灣之間實行自由貿易政策。這種WTO成員的部分關稅領土與其他成員的全部或部分關稅領土所組成的次級雙邊自由貿易區，不違背WTO規定。
自國家批準在海南建立海峽兩岸農業合作試驗區20年來，瓊臺農業合作取得了重大進展。站在歷史新起點，著眼于兩岸關系發展的大局，著眼于海南深化改革、擴大開放的需求，建立瓊臺自由貿易區，不僅有利于加快海南的發展，也能充分發揮海南在兩岸和平統一大業中的特殊作用。
海南地理位置獨特，面向東南亞，處于亞洲中心。適應區域經濟一體化的需要，建立瓊臺自由貿易區，是落實“十七大”提出的實施自由貿易區戰略的重要組成部分。
1.建立瓊臺自由貿易區，是促進兩岸和平統一和實施自由貿易區戰略的現實選擇
建立瓊臺自由貿易區，是一項具有全局性和現實性的重大舉措。在新的形勢下，對于促進兩岸關系良性互動、合作共贏，對于實施自由貿易區戰略，均具有重大的現實意義。
——是新形勢下充分發揮海南在兩岸和平統一中特殊作用的重要選擇。充分發揮海南經濟特區在兩岸和平統一中的特殊作用，是鄧小平同志創辦海南經濟特區的戰略意圖之一。上個世紀80年末90年代初，臺灣當局曾提出過對海南島實施農業技術援助計劃，以有利于臺商投資海南。在剛結束的臺灣地區新的領導人選舉中，獲勝的國民黨領導人承諾開通兩岸直航，主張“九二共識”。適應新形勢，把建立瓊臺自由貿易區作為積極回應，實行對臺更加開放的政策，極大地促進瓊臺兩島的經濟合作，有助于實現兩岸和平統一大業。
——是形成瓊臺更緊密經貿關系，奠定兩岸經濟一體化基礎的重大舉措。建立瓊臺自由貿易區，既包含有實行自由貿易的相關政策，又包含有在實行自由貿易政策條件下所要求的體制創新以及相關聯的許多重要領域的改革，必將對海南經濟特區的改革開放提出新的要求，促進海南在體制創新、產業升級、擴大開放三個方面的聯動發展。建成瓊臺自由貿易區，有利于實現瓊臺之間原料、資金、人員等生產要素的自由流動，擴大臺灣在大陸的市場，從而形成兩岸更緊密的經貿關系，實現兩岸經濟發展的“合作共贏”。
——是實施自由貿易區戰略的重要組成部分。建立瓊臺自由貿易區，是落實十七大報告提出的“實施自由貿易區戰略”的重要組成部分，不僅能繼續發揮海南經濟特區對外開放“窗口”和體制機制創新“試驗田”的作用，也能為實施自由貿易區戰略提供有益的經驗和借鑒。瓊臺兩島是中國距離東南亞國家最近的兩個地區，與東南亞國家有著緊密的經濟聯系，建立瓊臺自由貿易區，能夠更加密切中國與東盟各國之間的經貿關系，加快推進“中國——東盟自由貿易區”建設進程。
2.建立瓊臺自由貿易區的時機、條件已經成熟
瓊臺兩島地緣相近、血緣相親、氣候相似，經濟互補性強，合作潛力巨大，海南特區具備多方面優勢發展與臺灣直接的、密切的經濟關系。建省20年來，瓊臺兩島已經有了比較廣泛的經貿聯系。
——建立瓊臺自由貿易區，有利于臺灣經濟發展。瓊臺兩島面積差不多，在經濟合作方面具有很強的互補性。海南有豐富的旅游資源、農業資源、海洋生物資源、礦產資源、石油天然氣資源等；臺灣具有雄厚的資金、先進的技術、科學的管理，但發展面臨著土地少、成本高、缺乏競爭力等困難。通過建立自由貿易區，把兩島的優勢結合起來，對兩島來說是實現優勢互補、互惠互利的大好事，臺資可以在海南的開發中獲得較高的回報。近年來，臺灣政黨領導人如連戰、吳伯雄，以及臺灣農業界的許多人士在海南訪問考察時，都表達了瓊臺之間建立更緊密的農業合作關系的愿望。臺灣地區新當選的領導人馬英九、蕭萬長陣營也提出了建立兩岸共同市場的政見主張。建立瓊臺自由貿易區面臨難得的機遇。
——瓊臺已有20年經濟合作的良好基礎。建省辦特區以來，臺灣一直是海南重要的對外經濟貿易伙伴。截至目前，臺灣在海南投資注冊企業累計達1580多家，實際投資23億多美元。同時，海南特區經過20年的建設發展，基礎設施狀況有了明顯的改善；在投資軟環境建設方面，初步建立了現代企業制度、較為規范的市場體系、多層次的社會保險體系和市場經濟法規體系，為瓊臺自由貿易區的建立奠定了基礎。海南還擁有全國人大授予的特別地方立法權，為以法律手段保障、以制度規范瓊臺自由貿易的實施創造了條件。
——海南獨特的地理條件，十分便于對瓊臺自由貿易實行有效的監管。海南島四面環海，瓊州海峽構成了隔離海南和大陸的天然屏障，建立瓊臺自由貿易區后，有條件實行“一線放開、二線管嚴”的自由貿易監管制度，這一點是國內其他地方所無法相比的。
3.積極推進瓊臺自由貿易區建設進程
建立瓊臺自由貿易區，從長遠看，是全方位、多層次、寬領域的，要有全局性的應對策略和措施，統籌協調，積極推進。
——選擇特定的行業率先取得突破，逐步建立共同市場。產業合作是建立瓊臺更緊密經貿關系的重要環節。兩島農業具有很強的互補性，結合雙方的農業優勢，擴大兩島農業技術交流與合作，積極吸引臺灣一些大型農業公司參與到瓊臺農業合作之中。目前，臺商在海南開設的農業企業累計達400余家，實際投資4億多美元，承租土地約20萬畝。與此同時，積極創造條件，鼓勵和支持臺灣服務業進入海南市場，積極推進在旅游、金融等領域的交流與合作。此外，加強加工貿易、環保方面的合作。
——由國務院授權海南與臺灣方面進行商談。臺灣是中國的一部分，瓊臺自由貿易，可視為一種特殊的貿易形式。這種特殊形式的貿易，這種次級雙邊的自由貿易關系，并不違背WTO有關規定。因此，可由國務院授權海南與臺灣方面進行商談，相互實行有關自由貿易政策，然后由國務院做出決定并對外宣布。
——充分發揮社會組織的作用。推進瓊臺更緊密的經濟合作，需要雙方強有力的組織去協調和推動，目前十分有必要盡快成立一個較高層次的、有官方背景的、被雙方認可的瓊臺經濟合作促進會組織，其任務是定期進行直接的經濟合作磋商與對話；通過多種渠道收集和反映瓊臺經濟合作中官方與民間的意見；為企業界的合作提供服務；為科技、文化、教育以及人員交流牽線搭橋并提供方便。
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