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第三章 專項資金的申請、審核與撥付
第十條 交通運輸部、財政部根據國務院統一部署和公路水路交通運輸節能減排專項規劃確定的重點任務、重點工程以及交通運輸部年度節能減排重點工作，發布年度節能減排重點支持項目申請指南。
第十一條 專項資金的申請條件：
（一）申請單位應具有獨立法人資格；
（二）申請單位管理規范，具有健全的財務管理制度；
（三）申請單位能源管理機構健全，具有完善的能源計量、統計和管理體系；
（四）申請項目符合年度節能減排重點支持項目申請指南明確的支持范圍；
（五）項目實施完成后，具有明顯的節能減排效果或對交通運輸節能減排有明顯的促進作用；
（六）申請項目符合國家有關規定。
第十二條 節能減排量作為專項資金安排的重要依據，須經第三方機構進行節能減排量審核。由交通運輸部根據國家有關要求制定第三方機構認定辦法并依據辦法規定公布機構名單，項目承擔單位在公布的第三方機構名單中選擇審核機構。
第十三條 符合申請條件的項目，項目承擔單位按照項目指南的有關要求填報材料，連同第三方機構出具的項目節能減排量審核意見，報所在省（自治區、直轄市、計劃單列市）[以下簡稱：省（市）]交通運輸主管部門進行初審。各省（市）交通運輸部門審核匯總后，會同同級財政主管部門報交通運輸部、財政部。
第十四條 交通運輸部對申請材料進行審核，提出專項資金支持項目建議，報財政部審核。
第十五條 財政部對專項資金項目進行審核后，將專項資金下達有關省（市）財政主管部門，同時抄送交通運輸部。各省（市）財政主管部門應及時將專項資金撥付到項目承擔單位，具體資金支付按照財政國庫管理制度有關規定執行。
第四章 專項資金的監督管理
第十六條 各級財政、交通運輸部門要切實加強對專項資金使用的監督管理，建立健全專項資金績效評價制度，并將績效評價結果作為專項資金安排的重要依據。
第十七條 第三方機構對出具的節能減排量審核報告負責，對出具虛假節能減排量審核報告的第三方機構，將取消其審核資格，情節嚴重的將依法追究法律責任。
第十八條 對專項資金的使用情況，由財政部、交通運輸部組織重點抽查，對違反規定截留、挪用、騙取資金的，將嚴格按照《中華人民共和國預算法》和《財政違法行為處罰處分條例》（國務院令第427號）及相關法規予以處理。
第五章 附 則
第十九條 中央直屬企業單位資金申請程序參照本辦法執行；交通運輸部直屬事業單位資金申請程序按照部門預算管理規定執行。
第二十條 本辦法自發布之日起執行。
第二十一條 本辦法由財政部會同交通運輸部負責解釋。