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4.2010年7月，水利部向初步設計尚未批復的中國水利水電出版社圖書配送中心基礎設施改造工程下達中央預算內投資計劃647萬元。
5.2010年1月，所屬檢測中心未經主管部門批準，以檢測儀器等實物(評估價值130萬元)投資鄭州國水機械設計研究所有限公司，未及時進行賬務處理。
6.所屬兩家單位房產出租等收入未納入會計賬簿核算。
(1)2007年至2010年，水規總院采取以收抵支的方式，將部分房產委托一家公司代管出租，取得房租等收入282.09萬元、支出266.11萬元，未納入該院會計賬簿核算。
(2)2006年9月，中國灌溉排水發展中心將收到的200萬元征地補償款，在其所屬節水灌溉示范基地“其他應付款”科目掛賬，未納入該中心會計賬簿核算。
7.2009年至2010年，3家所屬單位使用不規范的發票入賬或套現84.86萬元。其中，綜合事業局下屬華夏傳媒公司28.92萬元，中國水利企業協會29.46，水利發展研究中心所屬北京中水潤澤咨詢有限公司26.48萬元。
8.所屬綜合事業局存在的問題。
(1)2007年12月，該局在既未履行報批手續，也未按規定進行資產評估和產權掛牌交易的情況下，將其使用自籌資金5109萬元建設的綜合業務樓所有權，以5520萬元的價格轉讓給其參股企業新疆昌源水務集團有限公司。
(2)2008至2010年6月，綜合事業局及下屬水利建設管理總站等8家單位收取鑒定費、評審費、人事檔案代理費、水土保持方案技術評估費等各類費用5455.9萬元，并作為經營服務性收費管理。
(3)截至2010年9月底， 綜合事業局及所屬北戴河療養院等單位于2002年至2009年間陸續完工的“綜合業務樓網絡建設”等基本建設項目，累計投資3280萬元，均未辦理驗收和竣工決算。
(4)2006至2008年，綜合事業局未經批準，借給北戴河療養院資金2300萬元；北戴河療養院未經批準，借給北戴河新華假日酒店資金1800萬元，用于酒店裝修，截至2010年9月底出借資金尚未收回。
(5)2007年5月，綜合事業局控股公司參股的中水匯金資產管理(北京)有限公司公司臨時負責人未按公司章程規定，在未報經公司股東會研究同意的情況下，擅自決定進行股票投資。至2010年8月底，累計投入4280萬元、收回3718.16萬元，股票賬戶資金余額469.82萬元。
9.所屬水利部科技推廣中心存在的問題。
(1)截至2010年8月，水利部科技推廣中心2003年至2009年從其出資設立的北京新禹萬融高科技有限公司應分得的投資收益13.2萬元，未及時收回。
(2)水利部科技推廣中心2009年按月向職工發放“移動電話”、“交通補貼”等津貼和補貼共計41.45萬元，未按規定納入當期工資收入及扣繳個人所得稅。