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三、審計處理情況和建議
對上述問題，審計署已依法出具了審計報告、下達了審計決定書。對將本級預算安排在所屬單位問題，要求今后不得發生此類問題；對所屬綜合事業局為非預算單位申報財政撥款問題，要求綜合事業局今后嚴格編制預算；對所屬3家單位預算編報不完整問題，要求責成相關單位按規定完整編制預算；對所屬單位虛列支出、預算支出不合規等問題，要求責成相關單位收回虛列支出的資金余額，嚴格執行預算并歸還原資金渠道，同時相應調整有關會計賬目和決算(草案)；對防汛物資賬務處理不規范問題，要求加強管理并及時登記入賬；對往來款清理不及時問題，要求盡快對往來款進行清理；對其他收入未按規定歸還原資金渠道問題，要求根據資金不同性質做相應處理；對個別項目未嚴格履行基建程序問題，要求今后嚴格履行基建程序；對所屬水規總院等單位房產出租等收入未納入會計賬簿核算問題，要求責成相關單位收回資金，納入單位賬簿核算；對所屬華夏傳媒公司等單位使用發票不規范等問題，要求糾正、追回資金；對所屬綜合事業局未經批準違規轉讓綜合業務樓問題，要求收回轉讓的辦公樓或補辦報批手續；對綜合事業局及所屬部分單位收費管理不規范問題，要求進行清理；對已完工基建項目未及時辦理驗收和竣工決算問題，要求及時組織竣工決算；對出借資金問題，要求及時收回出借資金；對參股企業臨時負責人違規進行股票投資問題，要求進行清理并追究相關人員的責任；對所屬檢測中心實物投資未及時進行賬務處理、所屬科技推廣中心投資收益未及時收回、應繳未繳個人所得稅等問題，要求責成相關單位加強管理，及時收回資金并進行清理，同時調整相關會計賬目。
針對審計發現的問題，審計署建議：水利部應進一步加強預算管理，嚴格編制和執行預算；進一步加強對所屬預算單位的管理和監督力度，督促所屬單位加強財務管理和資產管理，完善內控制度，切實提高依法理財能力。
四、審計發現問題的整改情況
水利部在審計前開展了自查，并糾正了部分自查出的問題。對審計發現的問題，水利部高度重視，從完善制度、建立長效機制上落實整改，制定和印發了《關于進一步加強財政資金使用管理工作的通知》，并與所屬單位簽訂了《水利財政資金使用管理承諾書》，進一步加強預算和資金管理。對將本級預算安排在所屬單位問題，從2011年起報財政部調整預算；對所屬單位虛列支出、預算支出不合規等問題，水規總院已收回房屋出租收入結余15.98萬元，所屬水利發展研究中心、中水潤澤公司等單位掛賬在賓館的24.27萬元已全部收回并納入單位法定賬戶，中國灌溉排水發展中心已將征地補償款200萬元轉做收入；同時，水利部采取發函或專人督辦等方式，要求加大往來款清理和催收力度。所屬綜合事業局及下屬單位針對審計發現的問題，積極進行整改，對綜合事業局為非預算單位申報財政撥款48萬元、所屬檢測中心等單位預算支出不合規12.18萬元、實物投資130萬元未進行會計賬務處理、所屬科技推廣中心未及時收回投資收益13.2萬元等問題，目前已整改完畢；對收費管理不規范問題，綜合事業局組織各相關單位進行研究，分清收費性質，已采取停止收費或者補辦相關手續等措施；對綜合事業局所屬單位違規報銷問題，已調整相關會計賬目；對出借資金問題，已達成分步還款意向；對基建項目長期不辦理驗收和竣工決算問題，綜合事業局成立專門工作組，正在組織項目竣工決算工作；對所屬科技推廣中心未繳個人所得稅問題，已申報上繳；對中水匯金資產管理(北京)有限公司臨時負責人違規進行股票投資問題，已追究個人責任，并對該公司進行清理；對違規轉讓綜合樓問題，正在向有關部門匯報，補辦相關手續。