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2006年3月，中國科學院發布了《中國科學院中長期發展規劃綱要（2006－2020年）》（以下簡稱規劃綱要）。中國科學院規劃戰略局潘教峰局長在《2007科學發展報告》上以“中國科學院中長期發展的戰略考慮”為題解讀了該份規劃綱，重點介紹和分析了中國科學院未來5至15年的發展目標、發展戰略、戰略重點和重要舉措，介紹了為保證該規劃實施所采取的若干措施。
規劃綱要在全面深入分析國家戰略需求和世界科技發展態勢的基礎上，中國科學院確定了中長期發展的戰略目標，到2020年，把中國科學院建設成為具有國際先進水平的科學研究基地，培養造就高級科技人才的基地，促進我國高技術產業發展的基地，成為具有“一流的成果、一流的效益、一流的管理、一流的人才”的中國科學院，整體實力進入世界同類研究機構前3名。規劃綱要對“三個基地”的科學內涵、“四個一流”的衡量標準進行了逐一闡述。
規劃綱要明確提出，把中國科學院新時期發展戰略的實施推進到以科技創新能力建設為重點的新階段。2006至2010年，重點建設科技創新基地，凝聚目標，提高加快發展科技生產力的能力；加快推進中國特色國家創新體系建設，更新觀念，提高自覺革新科技創新組織體制的能力；加強管理與文化創新，遵循規律，提高領導科技創新的能力；有效集成社會創新要素，競爭合作，提高加快科技成果轉化與規模產業化的能力；加強國際科技合作交流，擴大開放，提高有效吸納國際科技創新資源的能力。
規劃綱要從三個層次上明確了中國科學院未來5至15年科技發展的戰略重點，即“1+10”戰略重點領域，40個重大科學技術問題和166個重要方向。
“1+10”戰略重點領域包括具有明確目標導向的交叉和重大前沿，信息科技領域，空間與光電科技領域，先進能源科技領域，納米、先進制造與新材料科技領域，人口健康與醫藥科技領域，先進工業生物技術領域，現代農業科技領域，生態與環境科技領域，資源與海洋科技領域，以及依托大科學裝置開展基礎科學、交叉科學研究等。
規劃綱要明確了中國科學院未來5至15年學科發展的重點，包括數學與系統科學、物理學、化學、天文學與空間科學技術、地球科學、生命科學與生物技術、信息科學技術、化工與材料科學技術、能源科學技術、生態與環境科學技術、農業科學技術等11個學科領域的重點。
為實現發展目標，規劃綱要提出了改革宏觀管理體制、改革研究所管理、建設科技創新基地、改革資源配置、改革對外合作、加強隊伍建設等重大舉措。
中國科學院為保證規劃綱要的有效實施，制定了有關實施意見，并在創新實踐中適時采取相應的政策舉措，主要包括：（1）建立以規劃綱要為主體，院級規劃和所級規劃，規劃綱要、配套規劃及專門規劃構成的兩級三類規劃體系；（2）加強與國家規劃的有機銜接；（3）建立戰略研究體系（4）堅持院所兩級管理；（5）建立規劃綱要的制定、評估與修訂機制。（摘自中國科學院“科學發展報告”課題組撰寫的《2007科學發展報告》）
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