廣西北海生態(tài)監(jiān)控區(qū) 生態(tài)系統(tǒng)處于健康狀態(tài)。紅樹林分布區(qū)總面積保持不變，紅樹林群落基本穩(wěn)定。紅樹林鳥類種群數(shù)量有所增加，鳥類棲息環(huán)境不斷改善，留鳥數(shù)量不斷增加。池鷺、小白鷺、白鷺和牛背鷺等鷺鳥數(shù)量在70～1 300只之間。林區(qū)底棲動物豐富，鋸緣青蟹、中華烏塘鱧、海鰻種群數(shù)量增加。
2008年早春發(fā)生的50年一遇的冰凍災害天氣，給保護區(qū)的紅樹林群落造成了較大的破壞，受害紅樹林總面積1 793畝，永安核心區(qū)木欖植物受害嚴重，成樹死亡率12.0%以上，10齡以下幼樹死亡率接近100%；紅樹林蟲害仍然嚴重，蟲害總面積3 960畝；互花米草繼續(xù)危害本地種紅樹林生長、生存和發(fā)展，五年連續(xù)監(jiān)測結果顯示，互花米草的面積年均擴展速率達到41.1～48.4平方米/年，互花米草入侵區(qū)底棲動物分布數(shù)量明顯減少。
山口紅樹林自然保護區(qū)內的淀沙洲下量尾、英羅港烏坭海草床分布區(qū)和北暮鹽場五七海區(qū)海草床分布區(qū)的監(jiān)測結果顯示，下量尾海草床因受挖沙蟲、耙螺和電魚電蝦等人為活動的影響，從2005年起逐漸衰退，面積逐漸減小，2007年草場已基本破壞殆盡；北暮鹽場五七海區(qū)海草床分布面積約6.2公頃，較2007年略為減少，海草種類為喜鹽草和二藥藻混生，蓋度為20%～95%，生長狀況較好；英羅港海草床為喜鹽草單生，因長期受人為活動的干擾破壞，生長狀況一直不良，海草稀疏，海草葉片多污損海洋生物附著，常被雜物和泥沙掩埋。
潿洲島珊瑚礁兩個監(jiān)測區(qū)監(jiān)測結果顯示，竹蔗寮近岸海域的活珊瑚蓋度為43.1%，公山近岸海域為40.6%，最近死亡珊瑚比例很小，大多數(shù)死亡珊瑚的死亡時間都長達數(shù)年。近年來未出現(xiàn)珊瑚大規(guī)模持續(xù)死亡的情況，營養(yǎng)化指示海藻很少出現(xiàn)，表明2002年發(fā)生珊瑚大量死亡以后，珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)基本穩(wěn)定，但沒有明顯的恢復跡象。
北侖河口生態(tài)監(jiān)控區(qū) 生態(tài)系統(tǒng)處于健康狀態(tài)。沉積物質量良好，但水體無機氮和活性磷酸鹽普遍超標，北侖河出海口的獨墩、竹山和榕樹頭斷面水質多為超第二類海水水質標準。紅樹林種類多樣性及群落類 型穩(wěn)定、生境完整。紅樹幼苗生長良好，無大面積病蟲害發(fā)生。紅海欖群落受2008年早春冰凍災害天氣影響，出現(xiàn)整株葉片枯黃脫落和死枝現(xiàn)象。紅樹林鳥類種類豐富，夏季和秋季共監(jiān)測到鳥類63種，上述兩個季節(jié)鳥類的平均密度分別為25只/公頃和31只/公頃。近年來，紅樹林鳥類的種類數(shù)量和密度有所下降，鸻鷸類很少出現(xiàn)。
北侖河上游東興市的市政污水及附近養(yǎng)殖塘養(yǎng)殖污水的排放是導致水體氮、磷營養(yǎng)鹽含量超標的主要原因。
海南東海岸生態(tài)監(jiān)控區(qū) 生態(tài)系統(tǒng)處于健康狀態(tài)。海水氮、磷和石油類含量均符合第一類海水水質標準，水質優(yōu)良。鹿回頭、西島、蜈支洲、龍灣、銅鼓嶺、長玘港、亞龍灣、大東海、小東海等主要珊瑚礁分布區(qū)活珊瑚的蓋度分別為20.9%、35.4%、72.5%、26.9%、23.3%、41.2%、35.4%、21.6%和43.4%，硬珊瑚的補充量分別為0.7個/平方米、0.5個/平方米、0.5個/平方米、0.2個/平方米、0.4個/平方米、0.7個/平方米、0.4個/平方米、0.1個/平方米和0.9個/平方米，珊瑚礁魚類種類較豐富，分布密度平均為7尾/百平方米。
高隆灣、龍灣港、新村港、黎安港和長玘港等主要海草分布區(qū)海草的平均蓋度分別為17%、36%、37%、24%和24%，泰萊草、海菖蒲等優(yōu)勢種的分布與蓋度基本穩(wěn)定，平均蓋度分別為31%和25%。
連續(xù)五年監(jiān)測結果表明，珊瑚、海草種類多樣性和群落結構基本穩(wěn)定。漁業(yè)、養(yǎng)殖業(yè)、海洋工程、非法捕撈和旅游業(yè)等是海南沿岸珊瑚的主要威脅，不合理的海水養(yǎng)殖活動直接威脅黎安港等區(qū)域海草生境的完整性，海岸帶開發(fā)及污染物排放導致的水體懸浮物含量升高，局部區(qū)域透明度下降是珊瑚礁和海草床生態(tài)系統(tǒng)的主要潛在威脅。
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