三峽工程分樞紐工程、移民工程、輸變電工程三大項。
據國務院三峽建委批準的靜態投資概算，樞紐工程的靜態總投資為500.9億元，移民工程靜態總投資為400億元，輸變電工程靜態總投資為322.74億元(以上均為1993年價格)，共計1223.64億元，
國務院三峽建委辦公室綜合司對任星輝的復函稱，截至2009年9月底，三峽樞紐工程累計完成動態投資799.52億元，輸變電工程352.63億元，移民工程711.29億元，共1863.44億元，折合靜態投資1258.16億元，占國家批準投資概算的93.01%。并表示“靜態投資可控制在國家批準的概算之內”。
疑問因此而出現：累計完成并折合為1258.16億元的靜態投資，已超出1223.64億元的靜態投資概算，怎會占靜態投資概算的93.01%？
在工程建設領域，動態、靜態計算復雜，概算調整亦不鮮見。但這些疑問，也只有在相關機構提供完整數據并作具體解釋后才能知曉。
另外，國務院三峽辦有關負責人2009年9月表示，截至2009年6月底，三峽輸變電工程累計完成動態投資358億元。而該辦提供給任星輝的數據顯示，截至2009年9月底，輸變電工程累計完成動態投資352.63億元。時間多了三個月，累計完成的動態投資不增反減，也是一個謎。
三峽工程投資有時按三大項目口徑統計，有時則不包括輸變電項目，以不同的口徑公布的這些數據，是造成誤讀的原因之一。樞紐與移民投資由三峽集團(原稱三峽總公司)負責，輸變電則由國家電網公司及其前身負責。
三峽基金是國家同時也是公民投入三峽工程建設的資本金。據《中國三峽建設年鑒(2009)》，截至2008年底，三峽總公司累計籌集工程建設資金2042.30億元，其中三峽基金1070.96億元，由于三峽總公司只是基金使用單位之一，這一數據并非當期基金總支出。
按管理權限，政府性基金收支由財政部掌握。財政部去年和今年公布了預算報告，三峽基金前兩年的執行數與今年的預算數已經公開，但過去每年的收支及累積總收支尚不得而知。
即便了解三大項各自所使用的數據，也不能窺見基金全貌，因其支出不限于這三部分。如國土資源部負責的三峽庫區地質災害治理，投資合計超過100億元。據原三峽總公司總經理陸佑楣介紹，這筆錢從三峽基金里出，但不算進三峽工程投資。
還有其他一些支出項目的傳言，需要得到相關部門的證實或證偽。
1992年12月，財政部等部門聯合發布《關于籌集三峽工程建設基金的緊急通知》，規定三峽基金專項用于三峽工程建設，凡未經國務院、財政部批準，將三峽基金挪作他用的，一律按違反財經紀律論處。
目前的情況是，較真的公民或許能通過幾厘、十幾厘的計算，知道自己為三峽工程掏了多少腰包，但這些錢被用到了哪里、收效如何，尚無一個可以公開查閱的賬本。湯耀國
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