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第三章 項目申報與批復
第八條 水利部負責組織編制中央分成水資源費項目規劃，建立項目庫。
第九條 中央分成水資源費年度實施項目由水利部根據中央分成水資源費項目規劃，結合水資源節約、保護和管理工作需要確定。
第十條 中央本級年度實施項目由水利部、新疆生產建設兵團按照部門預算管理程序分別組織申報、實施。
地方年度實施項目由水利部商財政部于每年3月底前下達預算控制數；省級水利、財政部門組織編制項目實施方案，每年4月30日前聯合向水利部、財政部申報；水利部負責組織對地方項目實施方案進行審核，報財政部審定。省級水利、財政部門對申報材料的真實性、合規性負責。
第十一條 省級水利部門根據下達的項目與資金，負責組織項目實施。
第十二條 項目資金支付按照財政國庫管理制度的有關規定執行。
第四章 資金監督與檢查驗收
第十三條 各級財政、水利部門及項目承擔單位應當嚴格執行國家有關資金使用管理規定，切實做到專款專用，嚴禁截留、滯留、轉移、挪用資金和隨意調整預算。屬于政府采購范圍的，應當按照政府采購制度的有關規定執行。
第十四條 各級財政、水利部門要按照現行法律法規及預算和財務管理制度加強對中央分成水資源費的使用管理和監督檢查。
第十五條 水利部負責組織對重點項目進行驗收和績效評價。驗收和績效評價結果作為項目申報、選擇承擔單位及確定預算額度的重要依據。
省級財政、水利部門負責組織本行政區域內地方項目的驗收和績效評價，并將驗收和績效評價結果報財政部、水利部。
第十六條 對中央分成水資源費使用管理過程中存在財政違法行為的單位及個人，依照《財政違法行為處罰處分條例》（國務院令第427號）及有關法律、法規給予處理、處罰、處分。
第五章 附 則
第十七條 本辦法由財政部、水利部負責解釋。
第十八條 本辦法自2011年3月30日起施行。