義務教育階段教師水平的差距。過去幾年，義務教育城鄉教師學歷水平均有一定的提高，教師學歷合格率的城鄉差距在逐步縮小。但城鄉中小學在高職稱教師/教學經驗豐富教師的比例上差距仍然很大。例如，有些教學點派不進足夠數量的公辦教師，有些地方只能低薪聘請代課教師，很多地方代課教師的工資比公辦教師工資少1/3 。通過薪酬和津貼激勵等有效措施吸引高素質人才到農村學校教書，已成為提高農村義務教育質量的關鍵因素。
表 2006年城鄉普通初中和普通小學教師學歷對比
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城市
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縣鎮
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農村
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學歷合格率
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高學歷
教師比例
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學歷合格率
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高學歷
教師比例
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合格率
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高學歷
教師比例
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小學
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99.73%
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82.54%
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99.53%
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72.41%
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98.43%
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53.61%
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初中
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98.78%
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68.47%
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96.95%
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41.15%
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94.80%
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29.97%
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表 2006年普通初中專任教師職稱情況（％）
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職稱
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城市初中（%）
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縣鎮初中（%）
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農村初中（%）
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中學高級
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17.67
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6.7
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4.6
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中學一級
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43.16
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39.87
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35.23
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中學二級
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30.29
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40.22
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42.71
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中學三級
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2.38
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6.18
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8.77
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未評職稱
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6.49
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7.04
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8.67
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數據來源：根據《中國教育統計年鑒2006》數據計算。
在教師編制上，城鄉標準也不統一。農村初中的班級規模比城市大1/3，小學班級規模比城市大20%以上。按照現行教師編制標準，農村初中、小學的教師每人負擔學生數分別為18人和23人，而城市初中、小學分別為13.5人和19人。
城鄉義務教育的差距，也表現在輟學率上。有調查表明，中小學生輟學現象大多數發生在農村。2006年，一項針對甘肅的義務教育輟學狀況調查表明，有些地方農村義務教育輟學率從0.2%到4.8%不等 。盡管大多數輟學是由于“學習成績差和不感興趣”，但還有21%的輟學是因為經濟原因：有12%的學生是因為家里需要孩子去干活賺錢；有9%的學生是因為教育成本太高而輟學。（摘自中國[海南]改革研究院撰寫的《中國人類發展報告》）
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