農民工的就業主要集中在次級勞動力市場 ，他們大多從事苦、臟、累、險的工作，衛生條件差，工作環境惡劣。同時，城市農民工流行性疾病也遠高于其他人群，已成為受職業病危害最嚴重的人群。浙江省勞動和社會保障科學研究院對農民工進行了專項體質測評 。測評結果表明：有25.4%左右的農民工體質不合格，尤其在建筑行業，這一比例高達36.8%。
中國國家統計局調查表明，有33.06%的農民工對其接受的醫療衛生服務不滿意 。有調查顯示，在務工經商期間生病時，37.8%的農民工會自己根據病情到藥店買點藥吃，32%的農民工去正規醫院看病，20.5%的農民工則去個體診所看病。2/3以上的農民工不去正規醫院看病，主要原因是，在缺乏基本醫療保險的情況下，正規醫院醫療費用太高，遠遠超出了農民工可承受的范圍 。
在全國城市常住人口中，孕產婦死亡率為25/10萬，而以農民工為主體的流動人口中，孕產婦死亡率高達71.6/10萬。
圖 2005年常住人口與流動人口孕產婦死亡率（1/10萬）
數據來源：2005年全國婦幼衛生年報主要結果分析報告，報告摘自《全國婦幼衛生監測暨年報資料匯編（2005年）》。（摘自中國[海南]改革研究院撰寫的《中國人類發展報告》）
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