區域間財政均等化缺乏有效機制。區域間的財政能力均等化是區域間基本公共服務均等化的重要基礎。除了各地持續擴大的經濟發展水平差距之外，中央政府和地方政府的財政關系也導致了區域間財力差距的擴大。
1994年中國分稅制改革后，地方財政收入主要依賴于地方經濟總量的增長。中央政府集中了全國財政收入的大頭。轉移給地方政府的收入中，具有均衡性作用的一般性轉移支付規模過小。2006年中央財政收入占財政總收入的比重為53%，但中央一級的支出只占全國財政總支出的25%；地方政府財政收入占財政總收入的47%，卻要承擔全國財政總支出的75% 。
圖 1990～2006年中央與地方財政收支比例變動（％）
資料來源：《中國統計摘要2007》。
中央對地方政府的稅收返還占中央對地方政府轉移支付的很大部分，以至于經濟增長速度快、稅收基礎強、對轉移支付需求低的地區，得到的稅收返反而最多。比如，2003年東部地區在全部稅收返還數量中的比重占到50%以上，其中“增值稅和消費稅兩稅返還”占52.6%，“所得稅基數返還”占70%以上。即使在實施了財力性轉移支付以后，西部地區的人均財力也只相當于東部地區的48.3%。
政府支出結構不能充分反映公共財政的要求。逐步實現區域間基本公共服務均等化，依賴于大幅增加基本公共服務投入，而投入的增加依賴于規范的公共財政制度。雖然分稅制改革在適應經濟體制改革方面取得了重大進展，但是，財政在基本公共服務方面的投入仍顯不足，完善公共財政體制的任務仍相當艱巨。
中國的財政收入從1978年的1,132億元增加到2007年的51,304億元 ；盡管沒有根據價格水平變化進行調整，增長幅度之大顯而易見。所以，財政能力已不再是基本服務供給不足的主要約束條件。盡管政府對基本公共服務投入的絕對數量不斷加大，但科教文衛等方面支出占財政總支出的比例，從1992年至2005年沒有明顯的增長。例如，在教育方面，按預算內教育經費包含城市教育費附加的口徑計算，2005年全國預算內教育經費占財政支出比例為14.9%，比上年有所下降。2005年，中國教育經費占GDP的比例僅為2.8%，遠低于發展中國家的平均水平。這個比例已經延續了幾年，盡管中國政府希望把教育經費占GDP的比重提高到4%。
中國政府對衛生事業的投入呈逐年增加趨勢，但政府衛生支出占GDP的比重仍然偏低（圖3.41）。中國的衛生預算支出占GDP的比重僅有0.82%左右，遠低于世界的平均水平2.6% 。如果政府衛生支出占GDP的比重能提高到至少1.5%，并對新增經費分配體制進行改革，中國將能在建立全民基本醫療服務體制方面取得巨大的進展。
圖 中國政府和私人衛生支出 狀況比較（單位，億元，％）
資料來源：《中國統計年鑒2006》和《2007年中國衛生統計提要》私人衛生支出，包括社會衛生支出和居民個人衛生支出兩項合計。
基本公共服務的事權與財力不匹配。2006年，中國政府提出：進一步明確中央和地方的事權，建立地方政府事權與財力相匹配的財稅體制。雖然提供基本公共服務的事權主要在地方政府，但許多地方政府缺乏資源，無法履行職責。當前，中國的分稅制仍不完善，政府間事權與財力調整還不到位。主要表現在中央和省級政府財力較大，但事權向省以下地方政府下移。事權與財力的不匹配拉大了區域間基本公共服務的差距。（摘自中國[海南]改革研究院撰寫的《中國人類發展報告》）
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