一、新階段實行大部門體制同以往的機構改革有所不同
進入改革發展的新階段，我國經濟社會生活中出現的許多情況和問題，在相當大程度上是發展階段性特征的客觀反映。新階段的行政管理體制改革，無論是目標的確立還是路徑的選擇，都需要從新的歷史起點思考和分析。目前，我國開始從生存型社會進入發展型社會。生存型社會是以解決溫飽、初步實現小康為目標。經過近30年的改革開放，全社會的生存性壓力減弱，發展性壓力凸顯。當前，全社會更加重視教育公平化程度、公共衛生與醫療保障水平、基本社會保障程度；更加關心貧困差距、城鄉差距的趨勢，以及公共安全和環境問題等。
新階段實現大部門體制同以往歷次機構改革既有聯系又有區別。實行大部門體制是在全面推進政府轉型、加快行政管理體制改革的背景下提出來的，和過去幾次機構改革有連續性，但背景卻發生了很大的變化。因此，在新階段的特定背景下，應當把實行大部門體制同市場經濟發展程度、社會發展階段變化、現代政府治理模式變化相適應。第一，政府應當發揮以提供經濟性公共服務為重點的經濟職能；第二，政府應當發揮以提供基本公共服務為重點的社會職能。此外，政府建設更需要朝著良好的公共治理結構的方向發展。就是說，新階段的現實需求決定，不能以機構整合為目標來推進大部門體制。
現實需求的變化。（1）進入新階段，經濟社會可持續發展的矛盾日益突出，這必然要求政府職能、機構設置要適應階段發展的要求，這個變化要具有方向性和未來的相對穩定性。（2）政府在努力增加物質財富的同時，面臨全體社會成員共享改革發展成果的問題，全社會基本公共需求增加了，政府需要在基本公共服務中確定主體地位，發揮主導作用。（3）近年來，社會公共安全、食品藥品安全問題全面凸顯，政府如何在社會和市場中實行有效地監管十分重要。就是說，這次機構調整應當圍繞新階段的可持續發展和全社會基本公共需求來進行。
具體目標的變化。過去的幾次機構改革，雖然也十分強調政府職能轉變，但重點還是落在精簡機構、提高行政效率上。這次機構改革的主要目標是推進政府轉型，實行大部門體制、加快行政管理體制改革都是推進政府轉型過程中的重要措施。也就是說，在初步建立了市場經濟體制的條件下，政府應當從過去經濟建設型、行政控制型的治理模式轉向服務型、公共行政型的治理模式。
政府自身建設的需求變化。面對我國行政成本增多、行政效率不高、體制機制性腐敗問題突出的情況，行政管理體制改革和機構調整，要朝著良好的公共治理結構的方向發展。
二、實行大部門體制要同經濟社會發展的現實需求相聯系
新階段實行大部門體制，重要的在于，要同經濟發展方式轉變、決策與執行分開、中央與地方關系的調整、公共治理結構的改善相聯系。例如，從經濟發展方式轉變對政府職能的要求看，實行大部門體制應當考慮：（1）加強政府中長期戰略規劃職能。我國整體經濟的中長期規劃和宏觀政策的穩定仍是第一位的。在這個前提下，成立國家專司經濟中長期規劃和宏觀經濟政策的經濟部或經濟發展委員會十分重要。（2）加強國家的能源戰略職能。為適應國家能源資源的需求，建立國家能源委員會或能源部，具有一定迫切性。（3）加強國家對外經濟戰略職能。在我國由開放大國向開放強國轉變的過程中，對外戰略職能尤為重要。（4）將國有資產管理納入國家的經濟戰略職能。（5）強化市場的監管職能和統籌協調。（6）擴大國家環境保護職能。從我國的環境保護對經濟發展的影響看，盡快組建國家環境保護部，以適應國家環境保護的需求。
向著明確的方向，穩步推進大部門體制。“著力轉變職能、理順關系、優化結構、提高效能，形成權責一致、分工合理、決策科學、執行順暢、監督有力的行政管理體制。”這是實行大部門體制的主要目標和總體要求。全面把握這個目標和要求十分重要。只要目標選對了，未來穩步推進大部門體制就會很順利。我認為，實現大部門體制是一個選準方向、逐步推進的過程。這是因為：第一，大部門體制的實行涉及到很多部門的利益和官員的利益，各種利益關系需要協調。因此，建立大部門體制的過程將具有一定的復雜性。第二，大部門體制的目標是推進政府轉型。正是在這個前提下，十七大報告提出了“加大機構整合力度，探索實行職能有機統一的大部門體制，健全部門間協調配合機制。”
三、實行大部門體制需要推進配套改革
實行大部門體制不僅取決于經濟體制改革的進程，也取決于社會體制、政治體制、文化體制的改革進程。例如，實行大部門體制涉及到政治體制改革。干部制度改革、中央地方關系調整、行政統一性等等，都涉及到政治體制改革，都需要政治體制改革有實質性推進。
實行大部門體制目的是為了適應政府職能轉變、提高決策的效率和決策的科學性。只有把政府決策、執行和監督職能分離開，并相互制約，才能形成良好的權力運行機制。如果沒有這些配套改革，大部門體制的實行將會十分困難。目前，政府自身改革最大的問題不是減少機構和精簡人員，關鍵是要圍繞推進政府改革的大方向，加強中央政府的決策職能。在這個情況下，決策、執行和監督職能要相對獨立。所以，建立大部門體制的體制機制設計一定要合理。
現在有一部分部委，應當是政策決策的最高機構，但卻在相當大程度上管錢、管人、管資源的分配，把精力用于執行職能層面；另一方面，某些政策決策權又被相對集中到某些綜合部門，從而導致了決策主體和決策責任的缺位。
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